El conflicto entre la iglesia anglicana, formada un siglo antes por Enrique VIII, y las doctrinas papales del Vaticano es un tema de disputa común. A partir de la ejecución del rey Carlos I en 1649, Inglaterra se estableció como una república mancomunitaria encabezada por Lord Oliver Cromwell. Después de la muerte de Cromwell el 1658, el parlamento abandonó ese modelo de gobierno e instauró de nuevo la monarquía con el rey Carlos II.
A su vez, la city de Londres ha crecido tanto en espacio como en volumen de población, en parte debido a el auge del comercio y las nuevas clases burguesas, a las que la antigua nobleza no ve con buenos ojos.
Londres se ha convertido en un caos urbanístico: casas de madera inclinadas unas sobre otras, sin ningún tipo de separación; plazas y monumentos obstruidas por la construcción de nuevos edificios, etc. Su trazado se ha convertido en un reflejo de sus gentes, mayoritariamente muy pobres y abarrotados los unos con los otros.
A causa de un accidente en un horno, un incendio se propagó rápidamente a través de los edificios y alcanzó tal grado de destrucción (cerca de 13200 casas y 87 iglesias, entre otros) que pasó a conocerse como el Gran Incendio de Londres. El incendio afectó sobre todo a los edificios más pobres, construidos con madera en vez de piedra. Los distritos bienestantes como Westminster quedaron lejos del foco en Pudding Lane.
El incendio duró cuatro días, en parte debido a la inactividad del alcalde Sir Thomas Bloodworth, que se negó a utilizar técnicas avanzadas como derruir casas para crear cortafuegos. Después del incendio, Sir Bloodworth fue destituido por el rey Carlos, quien vivió el fuego desde la lejanía en el palacio de Westminster.
A falta de cuerpos especializados para la extinción de incendios, la milicia de Londres fue la encargada de luchar contra las llamas, mayoritariamente cortando su expansión con barricadas de pólvora. También se ocuparon de otros labores civiles como organizar a los desplazados por la destrucción de sus hogares a las afueras de la ciudad, donde se formaron campos de refugiados improvisados y en los que la hipotermia causó muchas muertes.
El recuento oficial de víctimas del incendio fue muy bajo, apenas seis registradas. Algunas fuentes citan la lenta expansión del fuego como causa de ello. Hay un debate histórico sobre las estimaciones reales de la cifra de muertes, ya que no se tuvieron en cuenta las de los habitantes más pobres de la city.